סוד גדול ונורא גילו המקובלים לאורך הדורות, והוא "סוד פדיון הנפש". סוד זה גילו כמה מקובלים צדיקים והוא מיוחס לרש"ש הקדוש, שגילה לתלמידיו שעל ידי מטבע מיוחד עליו נערך הפדיון, ניתן להסיר הקליפות והחסימות על כל שם ושם. וכפי שכתבו המקובלים "ופדיון נפש זה הוא תועלת ותרופה לכל צרה שלא תבוא ובפרט לחולים שיתרפאו במהרה, וכבר היו מנסים ובודקים אותו יותר מאלף פעמים, והיה מועיל בעזרת ה’ תכף באותה שעה"
את התיקון 'פדיון נפש' עורכים רבני הישיבה מעת לעת ובכך מביאים רחמים עצומים על על אלו אשר זוכים ששמם יוזכר בתיקון.